好奇心旺盛、喜欢一切神秘事物的朝日奈未来，在升上初二的春假，遇见了一位魔法使——理子。
在奇迹和魔法的引导下，她和理子一起变身为传说中的魔法使「光之美少女」！未来珍爱的熊玩偶毛芙伦，以及从「波纹智慧书」中诞生的妖精小哈，也与她们携手并肩，一同对抗威胁「魔法界」和「非魔法界（人类世界）」的混乱。然而，这场战斗最终伴随着分别的到来。
几年后，未来她们奇迹般地重逢，开始在各自的世界迈向属于自己的未来。未来在非魔法界成为一名大学生，而回到魔法界的理子则成为了魔法学校的老师。毛芙伦依然陪伴在未来身边，而小哈则成为从远方守护世界的存在——
然而就在此时，魔法界与非魔法界中出现了新的灾难……？
以这场新的灾难为契机，未来和理子在数个月后再度重逢。她们在击退神秘敌人的同时，也开始直面自己的过去以及未来——
伴随着魔法咒语「Cure Up·Rapapa！」的响起，充满期待的故事再度拉开帷幕！