位于北海道函馆的斧江财阀的收藏库收到了来自怪盗基德的预告函。据说这次基德盯上的是幕末的新选组副长土方岁三的日本刀。追寻大宝石的基德，为什么要以刀为目标呢……另一边，西部名侦探服部平次和柯南他们，也为了在函馆举办的剑道大会到访了当地，犯罪预告当天，平次彻底识破了基德的乔装将其逼至绝境，但……
与此同时，在函馆仓库街发现了胸部被切出十字形伤痕的遗体。侦查线索上浮现的是被称为“死亡商人”的、在亚洲一带作为武器商人活动的日裔美国男人。他在寻找与战时军需产业密切相关的斧江家第一代当家隐藏在函馆某处的宝物。也有传言说，这是足以一举逆转当时日本败势已定的战况的强大兵器。而且，那个宝物和基德盯上的刀似乎有所关联，为了应对以刀为目标的基德，神秘“剑士”的身影逼近……
隐藏在刀中的“真相”，劈开黑夜，现在被引导至月下——
争夺一决胜负之宝的战斗推理剧，于此处揭幕！