故事发生在20世纪产业革命的大跃进之后，受到地球资源日益枯竭影响的人类，开始向宇宙寻求新的生存空间。 为了适应宇宙环境，人类开始了对人体的改造。 结果诞生出来的，便是主人公伊兹鲁等拥有“S级遗传基因”的人。 脱离培养液后，伊兹鲁一行人被安放在选定的养父母身边，在经过一定时间的抚养之后，通过选拔考试进行筛选，建成了S级遗传基因儿童培养机关——学园都市格兰兹艾雷（『グランツェーレ都市学院）。 为了让“S级遗传基因儿”成为真正的“S（ACE）” …… 伊兹鲁和同伴们的校园生活 现在，就要开始！！
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